制约因素主要来源于以下三部分：首先，农产品冷链物流设施很少，且地区分布不均衡。与发达国家比较，中国人均冷库容量有很大差距，冷库建设规模需要扩张，东部沿海地区冷链水平较高，冷链网络体系相对健全，中西部地区冷库则显著不足。其次，农产品冷链物流设施无法有效应对季节性变化。农产品具有一定的生长周期，其上市季节性强，使得在农产品成熟上市期高频使用的情况下农产品冷链物流设施也面临着在未采摘时出现闲置的情况。第三，农产品冷链物流服务水平有待提高。中国冷链企业数量少，经营不规范，缺乏规模化、专业化的冷链物流企业。导致冷链物流服务水平较低，“断链”问题较突出，运输质量难以保证，损耗较大。
针对上述制约因素，洪勇认为，各方应加快农产品冷链物流标准化体系建设、提升农产品冷链物流智能化信息化水平、丰富农产品冷链物流服务功能等方面补短板。建议可以复制推广农产品冷链流通标准化示范典型经验模式，加强建设产地集配中心、冷库等乡村新基建，利用互联网平台倒逼农产品冷链物流标准落地，提升农产品可电商化水平。借助互联网、物联网、区块链等信息技术实时监控冷链物流流通各环节，打通生产商、供应商、销售商以及消费者之间的信息壁垒，让冷链物流资源利用率最大化，为降低冷链物流各环节人力、物力成本、提高冷链物流运行管理效率。同时付一夫认为，应加强培养冷链物流相关的技术型、信息型和管理型人才，推动农产品冷链物流发展。